Fiehn Lab – SetupX och BinBase

Vi har utvecklat ett system som kombinerar masspektrometriska och biologiska metadata för att uppnå detta mål. För det första gör SetupX-systemet det möjligt att ange biologiska metadata för styrning av laboratoriearbetsflöden genom att generera ”klasser” som återspeglar experimentella utformningar. Efter datainsamling används ett relationellt databassystem (BinBase) för automatiserad annotering av metaboliter.

Sök i BinBase efter föreningar Detta är den viktigaste webbplatsen för att jämföra masspektrum med hjälp av föreningsnamn, BinBase-identifierare eller till och med med med hjälp av dina GC/MS-spektra som du har insamlat på en annan plattform! Webbplatsen ger också en översikt över positiv upptäckt av metaboliter i de olika arter och organ som analyseras vid UC Davis Genome Center (över 15 000 prover från mer än 40 arter). Upprättande och annotering av metabolomiska experiment Opartiska metabolomiska undersökningar används för fysiologiska, kliniska och genomiska studier för att fastställa sambanden mellan genotyp och fenotyp. För att metabolomdata ska kunna återanvändas på lång sikt krävs både korrekta annoteringar av metaboliter och konsekventa biologiska klassificeringar. Vi har utvecklat ett system som kombinerar masspektrometriska och biologiska metadata för att uppnå detta mål. En offentlig databas för utformning av studier för metabolomiska projekt Metabolomiska databaser är värdelösa utan en noggrann beskrivning av den biologiska studiens utformning och tillhörande metadata som rapporterar om laboratoriets arbetsflöde från provberedning till databehandling. Här rapporterar vi om genomförandet av ett databassystem som gör det möjligt för forskare att beskriva och sätta upp ett biologiskt experiment, och som också styr laboratoriearbetsflöden genom direkt tillgång till instrumentet för datainsamling. En offentlig databas för utformning av studier för metabolomiska projekt Metabolomiska databaser är värdelösa utan en noggrann beskrivning av den biologiska studiens utformning och medföljande metadata som rapporterar om laboratoriets arbetsflöde från provberedning till databehandling. Här rapporterar vi om genomförandet av ett databassystem som gör det möjligt för forskare att beskriva och sätta upp ett biologiskt experiment, och som också styr laboratoriearbetsflöden genom direkt tillgång till instrumentet för datainsamling. BinBase – funktioner, dokumentation och FAQ Dokumentation av funktioner, dokumentation och FAQ om BinBase Current Progress in computational metabolomics David S.Wishart skrev: ”SetupX, som utvecklats av Fiehn-laboratoriet vid UCD, är ett utmärkt exempel på ett webbaserat LIMS för metabolomik. Den är XML-kompatibel och byggd kring en relationsdatabashanteringskärna. Det är särskilt inriktat på insamling och visning av GC-MS-metabolomdata genom sin metaboliska annoteringsdatabas BinBase.” SetupX Poster Boston 2008 SetupX Poster visades vid Boston Metabolomics Conference 2008 BinBase Ladda ner BinBase-databassystemet nedladdningslänk