Human BLAT Search

BLAT on DNA är utformad för att snabbt hitta sekvenser med 95 % eller mer likhet med en längd på 25 baser eller mer. Den kan missa mer avvikande eller kortare sekvenser. Den hittar perfekta sekvensmatchningar på 20 baser.BLAT för proteiner hittar sekvenser med en likhet på 80 % eller mer med en längd på 20 aminosyror eller mer. I praktiken fungerar DNA BLAT bra på primater och proteinBLAT på landlevande ryggradsdjur.

BLAT är inte BLAST. DNA BLAT fungerar genom att hålla ett index över hela genomet i minnet. Indexet består av alla överlappande 11-mers med 5 steg utom de som är starkt involverade i upprepningar. Indexet tar cirka 2 gigabyte RAM-minne i anspråk. RAM-minnet kan minskas ytterligare till mindre än 1 GB genom att öka stegstorleken till 11. Själva genomet lagras inte i minnet, vilket gör attBLAT kan leverera hög prestanda på en Linux-box till ett rimligt pris.Indexet används för att hitta områden med sannolik homologi, som sedan laddas in i minnet för en detaljerad anpassning. ProteinBLAT fungerar på samma sätt, men med 4-mers i stället för 11-mers. Proteinindexet tar lite mer än 2 gigabyte.

BLAT skrevs av Jim Kent.Liksom de flesta av Jims programvaror är interaktiv användning på den här webbservern gratis för alla.Källor och körbara filer för att köra batchjobb på din egen server finns tillgängliga gratis för akademiska, personliga och icke-vinstdrivande ändamål. Icke-exklusiva kommersiella licenser finns också tillgängliga. Se Kent Informaticswebbplats för mer information.

För mer information om den grafiska versionen av BLAT, klicka på Hjälp-knappen i den övre menyraden eller se Genome Browser FAQ.