Identifiering av BATF:s målgener som är kritiska för dess funktion i immunsvar

Abstract

BATF, en immunspecifik AP-1-transkriptionsfaktor, fungerar tillsammans med IRF4 och JUNB för att reglera gener som är viktiga för rekombination av antikroppsklasser i B-celler och för funktionell differentiering av distinkta CD4+ T-hjälpar-(Th)-undergrupper, inklusive Th2-, Th9-, Th17- och Tfh-celler. BatfΔZ/ΔZ(KO)-möss uppvisar fenotyper som är direkt relaterade till brister i de celltyper som nämns ovan. I ett försök att definiera de genuttrycksförändringar som är ansvariga för dessa fenotyper utfördes RNA-seq för att profilera transkript i KO- jämfört med WT-musens B-celler. Bioinformatiska analyser identifierade 47 gener vars transkript antingen var överrepresenterade eller underrepresenterade i avsaknad av BATF. Många av de transkript som visade sig vara felreglerade i KO B-celler var också felreglerade i KO T-celler, vilket tyder på att dessa gener är gemensamma molekylära mål för BATF:s transkriptionella aktivitet. Retroviral medierad återexpression av BATF i KO-cellerna resulterade i en korrekt reglering av dessa målgener. Dessutom kunde BATF-rekonstituerade KO B-celler genomgå CSR och naiva CD4+ T-celler som återuttryckte BATF kunde differentieras till Th2- och Th17-undergrupper. I vårt nuvarande arbete använder vi denna räddningsstrategi med retrovirus som uttrycker BATF-proteiner som modifierats med avseende på deras DNA-bindnings-, dimeriserings- och transkriptionsegenskaper för att bättre förstå de molekylära parametrar som styr hur BATF reglerar genuppsättningar i B-celler och T-celler. Vårt långsiktiga mål är att utnyttja regleringen av BATF för in vivo strategier för att hantera inflammation och autoimmuna sjukdomar.