Ladda ner BLAST-programvara och databaser Dokumentation

BLAST+ körbara filer

Har du problem med att köra BLAST-sökningar i stora volymer? Har du proprietära sekvensdata att söka i och kan inte använda NCBI:s BLAST-webbplats? Har du tillgång till en egen server? Har du din egen forskningspipeline? Har du problem med säkerhet eller immateriella rättigheter när du skickar sökningar utanför din organisation? Om du har svarat ja på någon av dessa frågor, läs vidare!

NCBI tillhandahåller en uppsättning kommandoradsverktyg för att köra BLAST som kallas BLAST+. Detta gör det möjligt för användare att utföra BLAST-sökningar på sin egen server utan begränsningar i fråga om storlek, volym och databas. BLAST+ kan användas med en kommandorad så att det kan integreras direkt i arbetsflödet.

Vad är nästa steg?

Hämta och installera BLAST+. Installationsprogram och källkod finns på ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/. Ladda ner de databaser du behöver (se avsnittet om databaser nedan) eller skapa egna databaser. Börja söka.

För mer information, se BLAST+ användarmanual, BLAST Help manual, BLAST releases notes och artikeln i BMC Bioinformatics (PubMed-länk). Se vår versioneringspolicy.

Sviten BLAST+ är det paket som för närvarande stöds. De äldre körbara verktygen i C-verktygslådan stöds inte längre. Se vår versioneringspolicy.

Vi lyssnar alltid och välkomnar din feedback på BLAST Support Center.

Magic-BLAST

Magic-BLAST är ett verktyg för att kartlägga stora RNA- eller DNA-sekvenseringskörningar av nästa generations RNA- eller DNA-sekvensering mot ett helt genom eller transkriptom. Läs mer om Magic-BLAST på https://ncbi.github.io/magicblast.

Installatorer och källkod finns tillgängliga på ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST.

IgBLAST

IgBLAST underlättar analysen av sekvenser av variabla domäner för immunoglobuliner och T-cellsreceptorer. För detaljer se dokumentationen på https://ncbi.github.io/igblast/ och artikeln i Nucleic Acids Research (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23671333).

Installatorer och källkod finns tillgängliga från ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/igblast/release/LATEST.

SRPRISM

SRPRISM är ett verktyg för anpassning av korta läsningar som arbetar med genomiska sekvenser och hanterar alternativa loci. Mer information finns på ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism/README. En körbar LINUX-fil finns under ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism

Databaser

BLAST-databaser uppdateras dagligen och kan laddas ner via FTP frånftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/.Database uppsättningar kan hämtas automatiskt med update_blastdb.pl, som är en del av BLAST+-sviten.Se BLAST-databasdokumentationen för mer information.

NCBI gör sökbara samlingar av positionsspecifika poängmatriser som kan användas för känsliga proteinsökningar och sökningar efter översatta nukleotider. Dessa är kända som Conserved Domain Database och kan sökas med de körbara programmen RPSBLAST och RPSTBLASTN som distribueras med BLAST+-paketet. Den mest omfattande samlingen av CDD:er finns på ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/Cdd_NCBI_LE.tar.gz. Delar av den omfattande samlingen finns på ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/. Dokumentation om dessa CDD-samlingar finns på ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/README.

.