MetoddokumentAlcanivorax borkumensis producerar en extracellulär siderofor under järnbegränsande förhållanden som bibehåller effektiviteten i nedbrytningen av kolväten – ScienceDirect Metoddokumentnedbrytningseffektivitet

Obligatoriska marina kolväteoklastiska bakterier har genetiska och fysiologiska egenskaper som gör att de kan använda kolväten som enda kolkälla och konkurrera om upptag av näringsämnen i vanligtvis näringsfattiga marina livsmiljöer. I detta arbete har vi studerat de sideroforbaserade järnupptagningssystemen i Alcanivorax borkumensis SK2 och deras funktion under biologisk nedbrytning av ett alifatiskt kolväte, tetradekan, under järnbegränsande förhållanden. AntiSMASH-analysen av SK2-genomet avslöjade förekomsten av två olika förmodade operoner av sideroforsyntetaser. Sökning efter de förutspådda kärnstrukturerna visade att den ena sideroforen tydligt tillhör familjen av komplexa oligopeptidiska sideroforer med ett Orn-Ser-Orn-karboxylmotiv medan den andra sannolikt tillhör familjen av SA (salicylsyra)-baserade sideroforer.

Analysen av supernatanten från SK2-kulturen identifierade en extracellulär siderofor och dess struktur löstes upp. Tillsammans med den nyligen beskrivna membranassocierade amfifila tetrapeptidiska sideroforen amfibactin producerar stam SK2 således dessutom en extracellulär typ av järnkällande molekyl med strukturell likhet med pseudomoniner. Jämförande Q-PCR-analyser av sideroforsyntetaserna visade att de är kraftigt uppreglerade i järnfattigt medium. Olika uttrycksmönster registrerades för två operoner under de tidiga och sena exponentiella tillväxtfaserna, vilket tyder på att dessa två sideroforer har olika funktion under järnfattiga förhållanden.