Naturlig antisense-transkription ur ett komparativt perspektiv☆

Naturliga antisense-transkript (NATs) kan störa uttrycket av komplementära sense-transkript med utmärkt specificitet. Vi har tidigare klonat NATs av Slc34a loci (som kodar för Na-fosfattransportörer) från fisk och mus. Här rapporterar vi kloningen av en mänsklig SLC34A1-relaterad NAT som representerar ett alternativt spliced PFN3-transkript (Profilin3). Transkriptet uttrycks huvudsakligen i testiklarna. En fylogenetisk jämförelse tyder på två olika mekanismer som producerar Slc34a-relaterade NATs: Alternativ splicing av ett transkript från en proteinkodande nedströmsgen (Pfn3, människa/mus) och transkription från den dubbelriktade promotorn (Rbpja, zebrafisk). Uttrycksanalys tyder på oberoende reglering av de komplementära mRNA:erna från Slc34a. Analys av slumpmässigt utvalda bi-direktionellt transkriberade loci hos människa/mus avslöjade ett begränsat fylogenetiskt bevarande och oberoende reglering av NATs. De var reducerade på X-kromosomer och grupperade i regioner som undgår inaktivering. Locus struktur och uttrycksmönster tyder på NATs-associerade regleringsmekanismer i testiklarna som inte är relaterade till den fysiologiska rollen för det protein som kodas av sense transkriptet.