Om definition, nomenklatur och klassificering av vattenkanalproteiner (aquaporiner och släktingar)

Ett vattenkanalprotein (WCP) eller en vattenkanal kan definieras som ett transmembranprotein som har en specifik tredimensionell struktur med en por som ger en väg för vattenpermeation genom biologiska membraner. Poran bildas av två mycket bevarade områden i aminosyrasekvensen, så kallade NPA-boxar (eller motiv) med tre aminosyrarester (asparagin-prolin-alanin, NPA) och flera omgivande aminosyror. NPA-boxarna har kallats WCP:s ”signatursekvens”. WCP är en familj av proteiner som tillhör superfamiljen Membrane Intrinsic Proteins (MIPs). I MIP-superfamiljen (med mer än 1 000 medlemmar) finns dessutom proteiner som inte har någon kanalaktivitet. WCP-familjen omfattar tre underfamiljer: aquaporiner, aquaglyceroporiner och S-aquaporiner. (1) Aquaporinerna (AQP) är vattenselektiva eller specifika vattenkanaler, även benämnda av olika författare som ”ortodoxa”, ”vanliga”, ”konventionella”, ”klassiska”, ”rena”, ”normala” eller ”sensu strictu” aquaporiner). (2) Aquaglyceroporinerna är genomsläppliga för vatten, men även för andra små oladdade molekyler, särskilt glycerol; i denna familj ingår glycerolfacilitatorerna, som förkortas som GlpFs, från glycerolpermeasfacilitatorer. ”Signatursekvensen” för akvaglyceroporiner är asparaginsyraresten (D) i den andra NPA-rutan. (3) Den tredje underfamiljen av WCPs har lite bevarade aminosyrasekvenser runt NPA-boxarna, som inte kan klassificeras till de två första underfamiljerna. Jag rekommenderar att man för denna underfamilj alltid använder namnet S-aquaporiner. De kallas också ”superaquaporiner”, ”aquaporiner med ovanliga (eller avvikande) NPA-boxar”, ”subcellulära aquaporiner” eller ”sip-liknande aquaporiner”. Jag rekommenderar också att man alltid använder stavningen aquaporin (inte aquaporin) och, för olika AQP:er, förkortningen AQP följt omedelbart av numret (t.ex. AQP1), utan mellanslag eller – vilket kan skapa förvirring med ”minus”.