Affymetrix

CGS nabízí profilování celých transkriptů na deskách Affymetrix Gene ST a Clariom S. Mřížky se dodávají ve formátu 24 nebo 96 destiček pro lidské, myší, krysí a četné modely. Další informace a seznam dostupných matic naleznete na tomto odkazu.

Velkou předností těchto matic oproti jiným je jejich design založený na pečlivém výběru sond zaměřených na charakteristické exony, nikoli pouze na 3 primární konec genu. Tento vynikající design matic umožňuje měření izoforem genů, a proto vám poskytuje přesnější měření úrovní exprese genů v celém transkriptomu včetně nekódující RNA.

Protokol:

Vzorky RNA se amplifikují pomocí soupravy Genechip WT Plus od společnosti Affymetrix. Stručně řečeno, RNA se převede na cDNA a amplifikuje se pomocí směsi primerů zaměřených na polyA a non-polyA mRNA za vzniku biotinem značené cRNA. CRNA je poté hybridizována na pole Gene ST, obarvena a naskenována pomocí přístroje Genetitan.

Pokud je problém s množstvím nebo kvalitou, použijeme sadu GeneChip WT pico (Affymetrix). Jedná se o metodu amplifikace celkové RNA již od 100 pg.

.