Aminopeptidáza

BY admin
|

  • 1 Funkce
  • 2 Aminopeptidáza z Aeromonas proteolytica
  • 3 S. griseus aminopeptidáza
  • 4 3D struktury aminopeptidázy

Funkce

Aminopeptidázy (AP) (EC 3) jsou kovově – většinou Zn-dependentní enzymy podílející se na trávení bílkovin. Cytosolová AP (Cyt-AP), deblokační AP (DAP) a AP N (APN) odstraňují N-koncové aminokyseliny. AP jsou klasifikovány podle aminokyseliny, kterou hydrolyzují. Další typy AP jsou:

  • AP aktivovaný za studena (Col-AP)
  • tepelně stabilní AP z Thermus thermophilus (AmpT)
  • AP ze Staphylococcus aureus (AmpS)
  • SGAP ze Stereomyces griseus. Podrobnosti viz Streptomyces griseus Aminopeptidase (SGAP).
  • Alaninaminopeptidasa se nazývá aminopeptidasa N. Podrobnosti viz Aminopeptidasa N.

Aminopeptidasy katalyzují uvolnění N-koncové aminokyseliny z peptidu, amidu nebo arylamidu. Beta-peptidyl AP (BapA) štěpí N-koncovou β-homoaminokyselinu z peptidů o délce 2 až 6.

Aminopeptidasa z Aeromonas proteolytica

Uvádí se selektivní inhibice , hydrolasy, deriváty. Na základě našich zjištění o Zn2+ fluoroforech na bázi 8-HQ byla vyslovena hypotéza, že deriváty 8-HQ mají potenciál fungovat jako specifické inhibitory Zn2+ enzymů, zejména dvoujaderných Zn2+ hydrolas. Inhibiční testy derivátů 8-HQ vůči AAP odhalily, že 8-HQ a 5-substituované 8-HQ′ jsou kompetitivními inhibitory pro AAP s inhibičními konstantami (Ki) 0,16-29 μM při pH 8,0. Na základě těchto testů bylo zjištěno, že 8-HQ a 5-substituované 8-HQ′ jsou kompetitivními inhibitory pro AAP. (rozlišení 1,3 Å), jakož i fluorescenční titrace těchto léčiv s AAP potvrdily, že , v němž se v aktivním místě AAP a (kód PDB: 3vh9). volného AAP (zbarveného zeleně) obsahujícího Zn2+ vázanou molekulu vody (H2O nebo OH-; červená koule) (1rtq) přemosťující dva Zn2+ a komplex AAP-8-HQ (darkmagenta, 3vh9). Dva Zn2+ jsou znázorněny jako purpurové kuličky.

S. griseus aminopeptidasa

S. griseus aminopeptidasa (SGAP) štěpí N-koncovou aminokyselinu z peptidu nebo proteinu a je specifická pro větší hydrofobní kyseliny, zejména leucin. Ke štěpení nedochází, pokud je dalším zbytkem prolin.

Enzym obsahuje dva ionty Zn2+ s His85 a Asp160 jako ligandy pro jeden ion a Glu132 a His247 jako ligandy pro druhý ion. Asp97 je společným ligandem pro oba ionty. Na oba atomy zinku je navázán zřejmě fosfátový aniont, který nahrazuje molekulu vody/hydroxidový ion, který se v této třídě enzymů obvykle vyskytuje. Podrobnosti o SGAP viz Streptomyces griseus Aminopeptidase (SGAP).

3D struktury Aminopeptidase

Aminopeptidase 3D structures

.