angsd-wrapper: utilities for analysing next-generation sequencing data

Vysoce výkonné sekvenování změnilo mnoho aspektů populační genetiky, molekulární ekologie a příbuzných oborů a ovlivnilo jak návrh experimentů, tak analýzu dat. Softwarový balík angsd umožňuje uživatelům provádět řadu populačně genetických analýz na datech vysokokapacitního sekvenování. angsd využívá pravděpodobnostní přístupy, které mohou přímo využívat pravděpodobnosti genotypů; pro srovnávací analýzy tedy není nutné volání SNP. Využívá tak všechna sekvenační data a poskytuje přesnější výsledky u vzorků s nízkou hloubkou sekvenování. Zde představujeme angsd-wrapper, sadu obalových skriptů, která poskytuje uživatelsky přívětivé rozhraní pro spouštění angsd a vizualizaci výsledků. angsd-wrapper podporuje více typů analýz včetně odhadů testů neutrality nukleotidové sekvenční diverzity, analýzy hlavních komponent, odhadu podílů příměsí pro jednotlivé vzorky a výpočtu statistik, které kvantifikují nedávnou introgresi. angsd-wrapper také poskytuje interaktivní grafické znázornění výsledků angsd pro lepší průzkum dat. Užitečnost programu angsd-wrapper demonstrujeme na analýze resekvenčních dat z populací divokých a domestikovaných druhů rodu Zea. angsd-wrapper je volně k dispozici na adrese https://github.com/mojaveazure/angsd-wrapper.