Fiehn Lab – SetupX a BinBase

Pro dosažení tohoto cíle jsme vyvinuli systém, který kombinuje hmotnostně spektrometrická a biologická metadata. Za prvé, systém SetupX umožňuje zadávat biologická metadata pro řízení laboratorních pracovních postupů generováním „tříd“, které odrážejí experimentální návrhy. Po získání dat je použit relační databázový systém (BinBase) pro automatickou anotaci metabolitů.

Query BinBase for compounds This wss the main site to compare mass spectra by compound names, by BinBase identifiers or even by your GC/MS spectra that you have acquired on a different platform! Stránka také poskytuje přehled o pozitivní detekci metabolitů v rozmanitém souboru druhů a orgánů analyzovaných v UC Davis Genome Center (více než 15 000 vzorků více než 40 druhů) Nastavení a anotace metabolomických experimentů Nezkreslené metabolomické průzkumy se používají pro fyziologické, klinické a genomické studie k odvození vztahů mezi genotypem a fenotypem. Dlouhodobá opakovaná použitelnost metabolomických dat vyžaduje jak správné anotace metabolitů, tak konzistentní biologické klasifikace. K dosažení tohoto cíle jsme vyvinuli systém, který kombinuje hmotnostně spektrometrická a biologická metadata. Veřejná databáze návrhu studie pro metabolomické projekty Metabolomické databáze jsou k ničemu bez přesného popisu návrhu biologické studie a doprovodných metadat informujících o pracovním postupu laboratoře od přípravy vzorků po zpracování dat. Zde podáváme zprávu o implementaci databázového systému, který umožňuje řešitelům podrobně popsat a nastavit biologický experiment a který také řídí laboratorní pracovní postupy přímým přístupem k přístroji pro sběr dat. Veřejná databáze návrhu studie pro metabolomické projekty Metabolomické databáze jsou k ničemu bez přesného popisu návrhu biologické studie a doprovodných metadat informujících o laboratorním pracovním postupu od přípravy vzorku po zpracování dat. Zde podáváme zprávu o implementaci databázového systému, který umožňuje řešitelům podrobně popsat a nastavit biologický experiment a který také řídí laboratorní pracovní postupy přímým přístupem k přístroji pro sběr dat. BinBase – funkce, dokumentace a často kladené otázky Dokumentace funkcí, dokumentace a často kladených otázek týkajících se BinBase Současný pokrok ve výpočetní metabolomice David S. Wishart napsal: „SetupX, vyvinutý laboratoří Fiehn na UCD, je vynikajícím příkladem webového metabolomického LIMS. Je kompatibilní s XML a je postaven na jádru pro správu relační databáze. Je orientován zejména na zachycení a zobrazení metabolomických dat GC-MS prostřednictvím své metabolické anotační databáze nazvané BinBase.“ Poster SetupX Boston 2008 Poster SetupX vystavený na konferenci Boston Metabolomics Conference 2008 BinBase Stáhněte si odkaz na stažení databázového systému BinBase.