Human BLAT Search

BLAT na DNA je navržen pro rychlé nalezení sekvencí s 95% a větší podobností o délce 25 bází a více. Může přehlédnout divergentnější nebo kratší zarovnání sekvencí. Najde dokonalé shody sekvencí o délce 20 bází.BLAT na proteiny najde sekvence o 80 % a větší podobnosti o délce 20 aminokyselin nebo více. V praxi funguje BLAT pro DNA dobře na primátech a BLAT pro proteiny na suchozemských obratlovcích.

BLAT není BLAST. DNA BLAT funguje tak, že si v paměti uchovává index celého genomu. Index se skládá ze všech překrývajících se jedenáctimerů odstupňovaných po pěti s výjimkou těch, které jsou silně zapojeny do opakování. Index zabírá asi 2 gigabajty paměti RAM. Paměť RAM lze dále snížit na méně než 1 GB zvýšením velikosti kroku na 11. Samotný genom není uchováván v paměti, což umožňuje, aby systémBLAT dosahoval vysokého výkonu na cenově dostupném linuxovém počítači.Index se používá k nalezení oblastí pravděpodobné homologie, které se poté načtou do paměti pro podrobné zarovnání. Proteinový BLAT pracuje podobným způsobem, jen se čtyřmírovými, nikoli jedenáctimírovými řetězci. Proteinový index zabírá něco málo přes 2 gigabajty.

BLAT napsal Jim Kent. stejně jako většina Jimova softwaru je interaktivní použití na tomto webovém serveru zdarma pro všechny. zdroje a spustitelné soubory pro spouštění dávkových úloh na vlastním serveru jsou k dispozici zdarma pro akademické, osobní a neziskové účely. K dispozici jsou také nevýhradní komerční licence. Podrobnosti naleznete na webových stránkách společnosti Kent Informatics.

Další informace o grafické verzi BLATu naleznete po kliknutí na tlačítko Nápověda na horní liště nabídky nebo na stránce Genome Browser FAQ.