Metodický článekAlcanivorax borkumensis produkuje extracelulární siderofor v podmínkách omezování železa při zachování účinnosti rozkladu uhlovodíků – ScienceDirectúčinnost degradace

Obligátní mořské hydrokarbonoklastické bakterie mají genetické a fyziologické vlastnosti využívat uhlovodíky jako jediný zdroj uhlíku a soutěžit o příjem živin v obvykle živinami ochuzených mořských biotopech. V této práci jsme studovali sideroforové systémy příjmu železa u Alcanivorax borkumensis SK2 a jejich fungování během biodegradace alifatického uhlovodíku, tetradekanu, v podmínkách omezení železa. AntiSMASH analýza genomu SK2 odhalila přítomnost dvou různých předpokládaných operonů sideroforových synthetas. Hledání předpovězených struktur jádra ukázalo, že jeden siderofor je jasně přiřazen k rodině komplexních oligopeptidických sideroforů, které mají karboxylový motiv Orn-Ser-Orn, zatímco druhý pravděpodobně patří do rodiny sideroforů na bázi SA (kyselina salicylová)

Analýzou supernatantu kultury SK2 byl identifikován extracelulární siderofor a byla vyřešena jeho struktura. Spolu s nedávno popsaným membránově asociovaným amfifilním tetrapeptidickým sideroforem amfibaktinem tak kmen SK2 navíc produkuje extracelulární typ molekuly chelatující železo se strukturní podobností s pseudomoniny. Srovnávací Q-PCR analýza syntetáz sideroforů prokázala jejich výraznou regulaci v prostředí ochuzeném o železo. Pro dva operony byly zaznamenány rozdílné expresní vzorce během časné a pozdní exponenciální fáze růstu, což naznačuje rozdílnou funkci těchto dvou sideroforů v podmínkách ochuzených o železo

.