Eilandenbaai
Zo’n 700 jaar geleden werd de Mataatua, een van de grote migratiekano’s van de Māori die vanuit Hawaïki naar Nieuw-Zeeland reisden, naar de Bay of Islands (vanuit de Bay of Plenty) gevaren door Puhi, een stamvader van de Ngāpuhi iwi (stam) die vandaag de dag de grootste van het land is. Māori vestigden zich en vermenigvuldigden zich in de hele baai en op verschillende van de vele eilanden waar zij verschillende stammen stichtten, zoals de Ngāti Miru in Kerikeri. Veel opmerkelijke Māori werden in de Bay of Islands geboren, waaronder Hone Heke die meerdere malen de vlaggenmast in Kororāreka (Russell) neerhaalde om de Flagstaff War te beginnen.
Vele van de Māori-nederzettingen speelden later een belangrijke rol in de ontwikkeling van Nieuw-Zeeland, zoals Okiato (de eerste hoofdstad van de natie), Waitangi (waar later het Verdrag van Waitangi zou worden ondertekend) en Kerikeri (dat een belangrijk vertrekpunt was voor Māori uit het binnenland die naar zee gingen, en later de plaats was van de eerste permanente missiepost in het land). Sommige eilanden werden ook opmerkelijk, zoals Motu Apo (Te Pahi eiland) waar 60 van de mensen van stamhoofd Te Pahi werden gedood als wraak nadat hij ten onrechte was beschuldigd verantwoordelijk te zijn voor het bloedbad van Boyd in Whangaroa.
De eerste Europeaan die het gebied bezocht was Kapitein Cook, die het gebied in 1769 zijn naam gaf. De Bay of Islands was het eerste gebied in Nieuw-Zeeland dat door Europeanen werd bewoond. Walvisvaarders arriveerden aan het eind van de 18e eeuw, terwijl de eerste missionarissen zich in 1814 vestigden. Het eerste volbloed Europese kind dat in het land werd geboren, Thomas King, werd in 1815 geboren in Oihi Bay in de Bay of Islands. (Er zijn ongefundeerde beweringen dat eerder een Europees meisje werd geboren in de Dusky Sound-nederzetting op het Zuidereiland).
De baai heeft veel interessante historische steden, waaronder Paihia, Russell, Waitangi en Kerikeri. Russell, vroeger bekend als Kororāreka, was de eerste permanente Europese nederzetting in Nieuw-Zeeland, en dateert uit het begin van de 19e eeuw. Kerikeri bevat vele historische bezienswaardigheden uit de vroegste Europese koloniale nederzetting in het land. Hiertoe behoort het Mission House, ook wel Kemp House genoemd, het oudste houten bouwwerk dat nog overeind staat in Nieuw-Zeeland. De Stone Store, een voormalig pakhuis, is het oudste stenen gebouw in Nieuw-Zeeland, de bouw is begonnen op 19 april 1832.
De Bay of Islands werd bezocht in de 19e eeuw door de zeehonden schepen en walvisjacht schepen die jaagden in de oceaan rond Nieuw-Zeeland In december 1835 Charles Darwin bezocht de Bay of Islands in HMS Beagle. In februari 1840 waren enkele leden van de United States Exploring Expedition aanwezig bij de eerste ondertekening van het Verdrag van Waitangi in Waitangi.
In een studie uit 2006 bleek de Bay of Islands de op één na blauwste lucht ter wereld te hebben, na Rio de Janeiro.
In 2019 werd een nieuwe snelle boot, gefabriceerd door de Explore Group, geïntroduceerd in de Bay of Islands om bezoekers op snelheid naar het Hole in the Rock te brengen. De dagelijkse vervoersvoorziening biedt plaats aan maximaal 30 passagiers en zal gedurende de dag meerdere keren varen.