Proximity-Labeling MS (APEX-MS)

Pro tento přístup je protein, který vás zajímá, spojen s peroxidázou (peroxidáza kyseliny askorbové; APEX). Po ošetření H2O2 přemění APEX exogenně dodaný biotin-fenol na biotin-fenoxylové radikály, což vede ke kovalentnímu značení proteinu v poloměru 20 nm. Následně se biotinylované proteiny obohatí pomocí steptavidinu. Tato technologie poprvé umožňuje pořídit „snímky“ lokálního prostředí proteinů v daném čase a zachytit přechodné interakce proteinů. Přístupy založené na proximitním značení v posledních několika letech rychle pokročily a ukázalo se, že poskytují doplňkové výsledky k tradičním purifikačním metodám založeným na afinitě (AP-MS), a mají tak potenciál otevřít zcela nové cesty výzkumu a poskytnout nové poznatky o funkcích proteinů.

APEX se používá k zachycení proteomů celých organel s vysokým časovým rozlišením, ale obecně se má za to, že šíře jeho značení vylučuje vyšší prostorové rozlišení, které je nezbytné pro zkoumání specifických proteinových sítí. Nedávno jsme poskytli řešení tohoto problému kombinací kvantitativní proteomiky se systémem prostorových referencí. Tato nová metoda nám umožňuje rozlišit známé vazebné partnery i dříve neidentifikované síťové komponenty, jak se nedávno ukázalo ve studii ověřující principy dotazování proteinů zapojených do receptorů spřažených s G-proteiny, které dynamicky signalizují a pohybují se v reakci na aktivaci vyvolanou ligandem

.