Stáhnout software a databáze BLAST Dokumentace

Spustitelné soubory BLAST+

Máte potíže s velkým objemem vyhledávání BLAST? Máte vlastní sekvenční data k prohledávání a nemůžete použít webovou stránku NCBI BLAST? Máte přístup k vlastnímu serveru? Máte vlastní výzkumné potrubí? Máte obavy o bezpečnost nebo ochranu duševního vlastnictví při odesílání vyhledávání mimo vaši organizaci? Pokud jste na některou z těchto otázek odpověděli kladně, čtěte dále!

NCBI poskytuje sadu nástrojů příkazového řádku pro spouštění BLAST nazvanou BLAST+. Ten umožňuje uživatelům provádět vyhledávání BLAST na vlastním serveru bez omezení velikosti, objemu a databáze. BLAST+ lze používat pomocí příkazového řádku, takže jej lze integrovat přímo do pracovního postupu.

Jaké jsou další kroky?

Stáhněte si a nainstalujte BLAST+. Instalační programy a zdrojové kódy jsou k dispozici na adrese ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/. Stáhněte si potřebné databáze,(viz část o databázích níže), nebo si vytvořte vlastní. Začněte vyhledávat.

Další podrobnosti naleznete v uživatelské příručce BLAST+, příručce nápovědy BLAST, poznámkách k verzím BLAST a v článku v BMC Bioinformatics (odkaz na PubMed). Podívejte se na naše zásady verzování.

V současné době je podporován balíček BLAST+. Starší spustitelné soubory sady nástrojů C již nejsou podporovány. Viz naše zásady verzování.

Vždy nasloucháme a vítáme vaši zpětnou vazbu v Centru podpory BLAST.

Magic-BLAST

Magic-BLAST je nástroj pro mapování rozsáhlých cyklů sekvenování RNA nebo DNA nové generace proti celému genomu nebo transkriptomu. Více informací o nástroji Magic-BLAST najdete na adrese https://ncbi.github.io/magicblast.

Instalační programy a zdrojový kód jsou k dispozici na adrese ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST.

IgBLAST

IgBLAST usnadňuje analýzu sekvencí variabilních domén imunoglobulinů a T buněčných receptorů. Podrobnosti naleznete v dokumentaci na adrese https://ncbi.github.io/igblast/ a v článku v časopise Nucleic Acids Research (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23671333).

Instalační programy a zdrojový kód jsou k dispozici na adrese ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/igblast/release/LATEST.

SRPRISM

SRPRISM je nástroj pro zarovnávání krátkých čtení, který pracuje s genomickými sekvencemi a zvládá alternativní lokusy. Další informace naleznete na adrese ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism/README. Spustitelný soubor pro LINUX je k dispozici pod ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism

Databáze

Databáze BLAST jsou denně aktualizovány a lze je stáhnout prostřednictvím FTP zftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/.Database sady lze načíst automaticky pomocí souboru update_blastdb.pl, který je součástí sady BLAST+. Další podrobnosti naleznete v dokumentaci k databázím BLAST.

NCBI vytváří prohledávatelnou sbírku skórovacích matic specifických pro jednotlivé pozice, které lze použít pro citlivé vyhledávání proteinů a přeložených nukleotidů. Tyto databáze jsou známé jako Conserved Domain Database a lze je prohledávat pomocí spustitelných souborů RPSBLAST a RPSTBLASTN distribuovaných s balíčkem BLAST+. Nejobsáhlejší sbírka CDD je k dispozici na adrese ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/Cdd_NCBI_LE.tar.gz. Podsbírky ucelené kolekce jsou k dispozici na adrese ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/. Dokumentace k těmto kolekcím CDD je k dispozici na adrese ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/README.

.