Myös omenoilla on sivuvaikutuksia
Omenan hedelmillä ei yleisesti tiedetä tai odoteta olevan sivuvaikutuksia. Omenan siemeniä ei kuitenkaan pidä syödä, sillä ne sisältävät syanidia ja ovat myrkyllisiä. Suurten siemenmäärien syöminen voi aiheuttaa kuoleman. Tässä on kuitenkin toivoa, koska mahdollisuudet syödä suuria määriä omenan siemeniä ovat suhteellisen pienet. Kun siemeniä syödään, syanidia vapautuu vatsassa, kun siemenet sulatetaan, joten myrkytysoireiden ilmaantuminen voi kestää useita tunteja. Omena voi aiheuttaa allergisen reaktion henkilöille, jotka ovat herkkiä Rosaceae-suvun kasveille. Rosaceae-heimoon kuuluvia hedelmiä ovat muun muassa aprikoosi, manteli, luumu, persikka, päärynä ja mansikka. Jos on allerginen jollekin näistä hedelmistä, olisi suositeltavaa neuvotella terveydenhuollon ammattilaisen kanssa ennen omenoiden nauttimista.
Liian paljon omenamehua juominen voi laukaista ripulin, sillä omenat ja omenamehu sisältävät sorbitolia, luonnossa esiintyvää mutta sulamatonta sokeria. Myös jotkut keinotekoisesti makeutetut omenamehut saattavat sisältää kemiallista sorbitolia. Jos ihmisellä on taipumusta kehittää munuaiskiviä, omenamehua tulisi välttää, sillä se sisältää oksalaatteja, jotka voivat laukaista kalsiumoksalaattikivien muodostumisen.
Omenaviinietikkaa käytetään usein luonnollisena lisäravinteena, joka tarjoaa monia mahdollisia terveyshyötyjä. Jos sitä kuitenkin nautitaan liian suurina annoksina tai pitkään, joitakin haittavaikutuksia on väistämättä havaittavissa.
Omenaviinietikka on hyvin hapanta, mikä tekee siitä hampaiden kiillettä vahingoittavan, etenkin jos sitä nautitaan laimentamattomana. Omenaviinietikan tiheä nauttiminen voi heikentää hammaskiillettä. Tämän estämiseksi etikka olisi laimennettava vedellä tai juotava pillin läpi, jotta rajoitetaan kosketusta hampaisiin. Suu tulisi myös huuhdella raikkaalla vedellä hapon poistamiseksi hampaista.
Omenaviinietikan liiallinen nauttiminen voi johtaa veren alhaiseen kaliumpitoisuuteen (hypokalemia) ja alhaiseen luuntiheyteen. Siksi tulisi pitäytyä pienissä annoksissa omenaviinietikkaa tai välttää sitä kokonaan, jos sairastaa osteoporoosia tai käyttää kaliumia alentavia lääkkeitä.
Ylimääräisten omenaviinietikka-annosten on todettu aiheuttavan vaurioita iholle ja kurkulle. Tämän estämiseksi etikkaa tulisi aina laimentaa vedellä ennen juomista tai iholle levittämistä. On turvallisempaa ottaa nestemäistä etikkaa tablettien sijaan.
Jotkut ihmiset saavat etikasta allergisen reaktion, johon kuuluu oireita kuten turvotusta, nokkosihottumaa ja hengitysvaikeuksia. Omenaviinietikka voi pahentaa ruoansulatushäiriöitä ja närästystä. On suositeltavaa neuvotella lääkärin kanssa ennen kuin aloitat sydänlääkkeiden, diureettien, reseptilaksatiivien ja insuliinin käytön.