Data ArticleData for molecular dynamics simulations of B-type cytochrome c oxidase with the Amber force field

La cytochrome c oxydase (CcO) est une enzyme vitale qui catalyse la réduction de l’oxygène moléculaire en eau et pompe les protons à travers les membranes mitochondriales et bactériennes. Cet article présente les paramètres des cofacteurs de la CcO de type ba3 qui sont compatibles avec les champs de force tout-atome d’Amber ff12SB et ff14SB. Plus précisément, des paramètres ont été développés pour la paire CuA, l’hème b, et le centre dinucléaire qui consiste en l’hème a3 et CuB pontés par un groupe hydroperoxo. Les données comprennent les géométries au format de coordonnées XYZ pour les modèles d’amas qui ont été utilisés pour calculer les énergies de transfert de protons et dériver les paramètres de liaison et les charges ponctuelles pour le champ de force à l’aide de la théorie fonctionnelle de la densité. Sont également inclus les fichiers de paramètres finaux qui peuvent être utilisés avec le programme Amber leap pour générer des fichiers d’entrée pour les simulations de dynamique moléculaire avec le progiciel Amber. Sur la base de la structure cristalline aux rayons X à haute résolution (1,8 Å) de la CcO de type ba3 de Thermus thermophilus (numéro d’identification de la banque de données sur les protéines PDB : 3S8F), nous avons construit un modèle qui est intégré dans une membrane bicouche lipidique POPC et solvaté avec des molécules d’eau et des contre-ions TIP3P. Nous fournissons des fichiers de données PDB du modèle initial et du modèle équilibré qui peuvent être utilisés pour des études ultérieures.