Data ArticleData for molecular dynamics simulations of B-type cytochrome c oxidase with the Amber force field

Cytochrome c oxidase (CcO) is een vitaal enzym dat de reductie van moleculaire zuurstof tot water katalyseert en protonen over mitochondriale en bacteriële membranen pompt. Dit artikel presenteert parameters voor de cofactoren van ba3-type CcO die compatibel zijn met de all-atom Amber ff12SB en ff14SB krachtvelden. Meer specifiek zijn parameters ontwikkeld voor het CuA paar, heem b, en het dinucleaire centrum dat bestaat uit heem a3 en CuB overbrugd door een hydroperoxo groep. De gegevens omvatten geometrieën in XYZ coördinaatformaat voor clustermodellen die werden gebruikt om protonoverdrachtsenergieën te berekenen en bindingsparameters en puntladingen af te leiden voor het krachtveld met behulp van dichtheidsfunctionaaltheorie. Ook inbegrepen zijn de uiteindelijke parameterbestanden die kunnen worden gebruikt met het Amber leap-programma om invoerbestanden te genereren voor moleculaire dynamica-simulaties met het Amber-softwarepakket. Gebaseerd op de hoge resolutie (1.8 Å) X-ray kristalstructuur van het ba3-type CcO van Thermus thermophilus (Protein Data Bank ID nummer PDB: 3S8F), hebben we een model gebouwd dat is ingebed in een POPC lipide bilaag membraan en opgelost met TIP3P watermoleculen en tegenionen. We leveren PDB-databestanden van het initiële model en het geëquilibreerde model die kunnen worden gebruikt voor verdere studies.