Data ArticleData for molecular dynamics simulations of B-type cytochrome c oxidase with Amber force field

Cytochrome c oxidase（CcO）は、酸素分子を水に還元しミトコンドリアや細菌の膜を通過する陽子の輸送を触媒する重要な酵素であります。 この論文では、全原子Amber ff12SBおよびff14SB力場に適合するba3型CcOの補酵素のパラメータを紹介する。 具体的には、CuAペア、ヘムb、そしてヘムa3とCuBがヒドロペルオキシ基で橋渡しされた二核中心についてのパラメータが開発された。 このデータには、密度汎関数法を用いてプロトン移動エネルギーを計算し、力場の結合パラメータと点電荷を導出するために使用したクラスタモデルのXYZ座標形式のジオメトリが含まれています。 また、Amberソフトウェアパッケージによる分子動力学シミュレーションの入力ファイルを生成するためのAmber leapプログラムで使用できる最終パラメータファイルも含まれています。 Thermus thermophilus 由来の ba3 型 CcO の高分解能 (1.8 Å) X 線結晶構造 (Protein Data Bank ID 番号 PDB: 3S8F) に基づいて、POPC 脂質二重膜に埋め込まれ TIP3P 水分子と対イオンで溶媒和したモデルを構築しました。 初期モデルと平衡化されたモデルのPDBデータファイルを提供しますので、今後の研究にご活用ください

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