Data ArticleData para simulações de dinâmica molecular de citocromo c oxidase tipo B com o campo de força Amber

Cytochrome c oxidase (CcO) é uma enzima vital que catalisa a redução de oxigênio molecular para água e bombeia prótons através de membranas mitocondriais e bacterianas. Este artigo apresenta parâmetros para os cofactores de CcO do tipo ba3 que são compatíveis com os campos de força de todos os átomos âmbar ff12SB e ff14SB. Especificamente, foram desenvolvidos parâmetros para o par CuA, heme b, e o centro dinuclear que consiste de heme a3 e CuB ligados por um grupo hidroperoxo. Os dados incluem geometrias em formato de coordenadas XYZ para modelos de cluster que foram empregados para calcular energias de transferência de prótons e derivar parâmetros de ligação e cargas pontuais para o campo de força usando a teoria funcional da densidade. Também estão incluídos os arquivos de parâmetros finais que podem ser empregados com o programa de salto Amber para gerar arquivos de entrada para simulações de dinâmica molecular com o pacote de software Amber. Com base na estrutura de cristal de raios X de alta resolução (1,8 Å) da CcO tipo ba3 do Thermus thermophilus (Protein Data Bank ID number PDB: 3S8F), construímos um modelo que está embutido em uma membrana de bocal lipídico POPC e solvado com moléculas de água TIP3P e counterions. Nós fornecemos arquivos de dados PDB do modelo inicial e do modelo equilibrado que pode ser usado para estudos futuros.